Добавить гит к существующему проекту на сервере

Подключаемся к серверу по SSH

Переходим в деррикторию с проектом

Инициализируем гит

Устанавливаем связь с репозиторием

Вытаскиваем все ветки из удалённого репозитория

Проверяем что в индексе

Если есть изменения не добавленные в индекс создаём новую ветку и доавляем их в неё

Затем

Опустите –global, чтобы установить идентификатор только в этом репозитории.